El rasgo arqueológico especifico y diferenciador de Tierradentro es el hipogeo o tumbas de entierro secundario. Se diferencian dos etapas del ritual funerario; La primera etapa o del entierro primario e individual en fosos cilíndricos o en tumbas de pozo no muy profundo con una pequeña cámara lateral, acompañado de cerámica domestica, hachas líticas, cuentas de collar, manos y piedras de moler, aislándolo del pozo mediante la colocación de losas que tapaban la entrada de la cámara.

La segunda etapa, es decir el entierro secundario y colectivo, se ponían los restos dentro de una urna de cerámica sin tapa, para luego colocarlos en otra tumba mas profunda, denominada hipogeo, que presenta escaleras en el pozo y una amplia cámara lateral de planta oval y techo cóncavo.
Los hipogeos mayores tienen escaleras de caracol en el pozo, cámara con nichos anexos y dos o tres columnas centrales, así como una decoración interna de pintura geométrica en rojo y negro sobre fondo blanco. En el piso de la cámara del hipogeo se colocaban las urnas, cada una con los huesos de un individuo, pero también se abrían agujeros para poner allí los restos óseos de varios individuos.

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Se aprecia un tratamiento diferente para los muertos, que reflejan una diferenciación social entre los vivos: en las urnas guardarían los restos de los gobernantes, sacerdotes o personajes notables, y en las fosas comunes los de la gente del pueblo. Las lagartijas como representación de lo masculino y el cien pies como su contraparte femenina aparecen repetidamente como temas decorativos en las urnas funerarias y están acordes con los conceptos duales que caracterizan a las religiones Prehispánicas de toda América.