Cuando los conquistadores españoles decidían establecerse definitivamente en un lugar, una de las primeras construcciones a levantar, como respuesta a una necesidad colectiva, era la iglesia. A medida que los poblados evolucionaban y los núcleos urbanos se consolidaban y fortalecían, empezaban a mejorarse las características de los templos. En los centros importantes se remplazaron, poco a poco, las pequeñas iglesias de madera y paja por unas más sólidas, de acuerdo con la importancia del lugar. Éstas se convirtieron, entonces, no sólo en símbolo religioso sino en ejemplo representativo de la importancia de la población.
Las primeras iglesias, simples construcciones de madera y paja, eran sencillos templos de una sola nave, angosta y profunda, algunas con muros de tapia pisada cubiertos por una estructura en madera llamada técnicamente "de par y nudillo", sobre la cual se ponía el techo bien en paja, bien en teja de barro, cuando era ya un tanto más importante. Básicamente esta construcción se definía como un rectángulo con pocas ventanas, el arco toral separando el presbiterio y enmarcando el altar y el coro alto a la entrada. Algunas veces se le aplicaba un revestimiento ornamental, con pinturas sobre los muros o retablos tallados como telón al fondo del altar. Generalmente, el muro principal se elevaba un poco sobre el techo para hacer el campanario o "espadaña".
Con la conquista de las almas se levantaron en algunos lugares los llamados Centros Doctrineros para convertir a los indígenas a la fe católica. Aunque se encuentran vestigios de éstos sobre todo en la región cundiboyacense, a finales del siglo XVIII se construyeron centros especiales en zonas más alejadas, como el de los paeces, en el Alto Cauca. Estos últimos forman un grupo con características propias y aunque responden a una tipología común y a esquemas similares; sin embargo, sutiles diferencias los individualizan. San Andrés de Pisimbalá, Calderas y Santa Rosa son los ejemplos más conocidos. Una teoría anota que éstos se construyeron en los valles protegidos, tratando de interceptar los caminos utilizados por los indígenas para su comercio con las poblaciones de Inzá y La Plata. Estas iglesias se diferencian de las demás por los materiales de su construción y la solución del campanario, entre otros rasgos decorativos, los cuales hacen creer a los especialistas en una transculturación, es decir, en una simbiosis entre las técnicas impuestas por los españoles y la construcción típica del indígena, asunto poco frecuente en la erección de los edificios religiosos en otras zonas del país.
San Andrés de Pisimbalá se encuentra sobre una pequeña meseta aluvial del valle de Pisimbalá, donde estuvo asentada la cultura de Tierradentro, y aunque es un rectángulo dividido en tres espacios, atrio, nave y sacristía, cubierta por un techo a dos aguas, según la usanza de la Colonia, su estructura en madera recubierta por bejucos y barro acusa la intromisión en la construcción de los indígenas paeces. La capilla se quemó casi completamente en 1975 y luego fue recuperada. El 6 de junio de 1994 la avalancha del río Páez causó graves daños en su estructura y la Subdirección de Monumentos Nacionales del Instituto Nacional de Vías emprendió obras para su restauración.